PCR实验室可以是分散形式，也可以是组合形式。完成一组 PCR 实验，通常应经过试剂配制、样品处理、核酸扩增及产物分析四个实验过程，若实验工艺需要，还应增加样品粉碎过程。
       一、分散形式 PCR 实验室
       所谓分散形式 PCR 实验室，是指完成上述实验过程的实验用房彼此相距较远，呈分散布置形式。对于这种布置形式的 PCR 实验室，由于各个实验之间不易相互干扰，因此无需特殊条件要求。
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       二、组合形式 PCR 实验室
       所谓组合形式 PCR 实验室, 是指完成 PCR 四个实验过程的实验用房相邻布置，组成独立实验区域的形式。对于组合形式 PCR 实验室，由于各个实验间集中布置，容易造成相互干扰，因此，对总体布局以及屏障系统具有一定的要求。各室在入口处设缓冲间，以减少室内外空气交换。试剂配制室及样品处理室宜呈微正压，以防外界含核酸气溶胶的空气进入，造成污染；核酸扩增室及产物分析室应呈微负压，以防含核酸的气溶胶扩散出去污染试剂与样品。
       如果使用荧光 PCR 仪，扩增室和产物分析室可以合并。
       若房间进深允许，可设 PCR 内部专用走廊。需要指出的是在减少室内外空气交换方面，缓冲间比专用走廊更有意义。
 
       各个区域之间应具备单向的实验工艺流、物流、人流与气流，形成单向流程的保护屏障，避免实验之间的相互干扰，防止核酸气溶胶对实验过程造成污染产生假性结果。
       PCR实验室的空气流向必须严格按照试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区空气压力逐渐递减方式进行，防止扩增产物顺空气气流进入扩增前的区域。需要严格的通风设计，若通风设计不合理，会使风速流向混乱，甚至危害人们健康。
 
       进入实验室区域工作人员应该按照以下路径：
       公共清洁区——更衣间（更换洁净服）——缓冲间——污染实验区
       工作人员退出实验室的路径为：
       污染试验区——缓冲间——淋浴间（有条件的可设置）——更衣间——公共清洁区